汽車水箱結垢以后可以用水箱清潔劑清洗除垢。一般的清洗劑，無法徹底清除水道內的水垢和酸性物質，有時也能泡下來大片脫落的水垢，但這樣會堵塞水道，有時要拆下水箱進行清洗。如果用質量好的強力清洗劑，水垢會呈現粉末狀懸浮在冷卻液中，不會堵塞發動機內的水道。所以選購水箱清洗劑時，千萬不要只圖便宜。
此外，要避免水垢的產生，就要注意水箱冷卻液的選用。許多駕駛員不重視冷卻液的使用及優劣，通常加入水箱的只是普通的水。
冷卻系統中最常見的就是生銹、結垢、腐蝕等問題。而造成這些的主要原因就是沒有使用好的防凍液。好的防凍液不僅是低凝點，而且有其他各種功能的添加成分，能抑制泡沫、防銹、防電解和防水垢等等，所以還是提醒廣大汽車用戶要慎重選擇對水箱有益的冷卻液。
